Abstract
I piccoli RNA non codificanti (small RNA) svolgono un ruolo chiave in molti processi biologici e sono presenti in numerosi biofluidi, rappresentando perciò dei potenziali biomarcatori ed importanti mediatori nella patogenesi di diverse malattie, incluso il diabete di tipo 1 (DM1). Lo scopo di questo studio è stato quello di mettere a punto un metodo di sequenziamento per l’analisi di espressione di small RNA presenti nel plasma di pazienti con DM1 di recente insorgenza, al fine di identificare nuovi potenziali biomarcatori. A tale scopo, abbiamo ideato un protocollo ottimizzato per l’estrazione dell’RNA da soli 200 μl di plasma a partire da n=4 pazienti con DM1 e n=4 soggetti non diabetici, accoppiati per sesso ed età. Le librerie di cDNA sono state generate utilizzando il kit QIAseq™ miRNA Library, ed il sequenziamento è stato effettuato tramite Illumina MiSeqDX. Dal punto di vista qualitativo, è stato osservato un numero di reads compreso tra 2,1×106e 4,05×106, la cui composizione è caratterizzata prevalentemente da miRNA. Tuttavia, è stato possibile identificare anche la presenza di piRNA, frammenti di RNA di trasporto (tfRNAs), isomiR, e di small RNA ancora non riportati in letteratura. Dal punto di vista quantitativo, è stata osservata una significativa iperespressione di 61 miRNA e 3 piRNA (hsa-piR-016945, hsa-piR-020498, hsa-piR-012284) ed una ipoespressione di 5 differenti miRNA (fold change >1,5 o <0,5 vs CTR; p<0,05) nel plasma di pazienti con DM1 rispetto a soggetti non diabetici. Inoltre, tra i miRNA differenzialmente espressi, ne sono stati identificati alcuni la cui alterazione era stata precedentemente riportata nel circolo dei pazienti con DM1 (miR-24-3p, miR-126-3p e miR-21-3p). In conclusione, i dati dimostrano la messa a punto di un protocollo per l’analisi di nuovi small RNA circolanti da una minima quantità di plasma. Tale approccio potrà essere utilizzato per la scoperta di nuovi biomarcatori nel DM1, nonché di potenziali mediatori coinvolti nella patogenesi della malattia.
Tipo: PD
Codice: 138
